Hệ thống xử lý chất thải rắn y tế được thiết kế trên cơ sở áp dụng nguyên lý đốt đa vùng hiện đang được sử dụng ở một số nước tiên tiến trên thế giới. Hệ thống được thiết kế gồm hai buồng đốt: Buồng đốt sơ cấp, buồng đốt thứ cấp và hệ thống xử lý khí thải bằng phương pháp hấp thụ. Chất thải rắn y tế độc hại được đưa vào buồng đốt sơ cấp đốt và duy trì ở nhiệt độ 5000C - 8000C. Không khí được cấp liên tục cho quá trình đốt thiêu huỷ rác. Khói từ buồng đốt sơ cấp (sản phẩm cháy chưa hoàn toàn, chứa nhiều bụi và các chất độc hại) được hoà trộn với không khí theo nguyên lý vòng xoáy và được đưa vào buồng đốt thứ cấp. Ở buồng đốt thứ cấp, các sản phẩm cháy chưa hoàn toàn (chứa cả Dioxin và Furan) tiếp tục được phân huỷ và đốt cháy ở nhiệt độ cao (9000C - 12000C) với thời gian lưu cháy đủ lớn (1 - 2 giây). Khói từ buồng đốt thứ cấp được dẫn qua hệ thống giảm nhiệt và được xử lý bằng phương pháp hấp thụ với dung dịch kiềm, đảm bảo đạt quy chuẩn QCVN 02-2008/BTNMT. 

Có công suất phù hợp, chi phí thấp, vận hành đơn giản, dễ sử dụng. Tiết kiệm nhiên liệu, chi phí xử lý thấp. Đạt tiêu chuẩn quy định hiện hành: (QCVN 20:2008/ BTNMT Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về khí thải lò đốt chất thải rắn y tế). Công nhân vận hành lò: 1 người.